ภาควิชาจุลชีววิทยาเริ่มดำเนินการรับนักศึกษาในระดับปริญญาตรีตั้งแต่ พ.ศ. 2525 โดยในช่วงแรกรับนักศึกษา 30 คน ในปี 2536-2538 รับปีละ 60 คน และตั้งแต่ปี พ.ศ. 2539 เป็นต้นไป รับนักศึกษาเป็นสาขาจุลชีววิทยาเพิ่มเป็นปีละ 100 คน เมื่อนักศึกษาขึ้นปีที่ 2 จะแบ่งนักศึกษาเป็นสาขาจุลชีววิทยา 70 คน สาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร 30 คน ในระดับปริญญาโท 1 สาขา คือวิทยาสาสตรมหาบัณฑิต สาขาจุลชีววิทยาประยุกต์
วิทยาศาสตร์บัณฑิตเป็นหลักสูตร 4 ปี นักศึกษาต้องศึกษาวิชาวิทยาศาสตร์พื้นฐาน ภาษาอังกฤษ สังคมศาสตร์และมนุษย์ศาสตร์รวมทั้งวิศวกรรมพื้นฐานและวิชาเฉพาะสาขาจุลชีววิทยาหรือวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหารรวมไม่น้อยกว่า 140 หน่วยกิต นอกจากนี้นักศึกษาต้องผ่านประสบการณ์การฝึกงานในหน่วยงานทางภาครัฐบาลหรือเอกชนเพื่อให้ทราบถึงวิธีการทำงานในสถานปฏิบัติงานจริง รวมทั้งสิ้น 6-8 สัปดาห์และในชั้นปีสุดท้ายนักศึกษาต้องค้นคว้าหาความรู้ด้วยตนเอง ทำการวิจัยในหัวข้อทางจุลชีววิทยาหรือสาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร รวบรวมผลการทดลอง วิเคราะห์ผลการทดลองและเขียนเป็นรายงานฉบับสมบูรณ์เพื่อจบหลักสูตรการศึกษาสาขาจุลชีววิทยา เป็นสาขาวิชาที่เรียนรู้พื้นฐานเกี่ยวกับรูปร่าง ลักษณะ ประเภทและชนิดของจุลินทรีย์ รวมทั้งความสำคัญของจุลินทรีย.์ รวมทั้งความสำคัญของจุลินทรีย์ต่อการเกษตร อาหาร การแพทย์และสิ่งแวดล้อม ตัวอย่างวิชาเรียนเฉพาะสาขาจุลชีววิทยาได้แก่ จุลชีววิทยาอุตสาหกรรม จุลชีววิทยาทางอาหาร จุลชีววิทยาของสิ่งแวดล้อม และภูมิคุ้มกัน วิทยาสาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร เป็นสาขาที่เรียนรู้พื้นฐานเกี่ยวกับคุณสมบัติทางเคมีและกายภาพของอาหาร ศึกษาองค์ประกอบ ในอาหารความปลอดภัยในอาหาร การประกันคุณภาพอาหาร คุณค่าอาหาร การแปรรูปอาหาร บรรจุภัณฑ์อาหาร และการพัฒนาผลิตภัณฑ์อาหาร นอกจากนี้ยังมีวิชาเฉพาะได้แก่ วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีของเนื้อสัตว์ วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีของนม วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีของธัญญพืช วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีของขนมอบ เทคโนโลยีเครื่องดื่ม เทคโนโลยีผลิตภัณฑ์ประมง เทคโนโลยีของผักและผลไม้ และการใช้ประโยชน์จากของเหลือทิ้งทางการเกษตรและอุตสาหกรรมเกษตรบัณฑิตศึกษาในสาขาจุลชีววิทยาประยุกต์ จัดขึ้นเพื่อให้นักศึกษามีความเชี่ยวชาญเฉพาะด้านทางจุลชีววิทยา โดยสามารถทำงานวิจัยเพื่อแก้ ปัญหา ปรับปรุงกระบวนการและพัฒนาวิธีการใข้จุลินทรีย์ให้เกิดประโยชน์ รวมทั้งค้นคว้าหาความรู้ใหม่ นอกจากนี้นักศึกษาสามารถได้รับความรู้ในสาขาที่เกี่ยวข้องทั้ง ชีวเคมีชั้นสูงและวิทยาศาสตร์การอาหารผู้สนใจเข้าศึกษาควรมีพื้นฐานทางจุลชีววิทยา วิทยาศาสตร์ทางการอาหารหรือชีววิทยาในสาขาที่เกี่ยวข้อง โดยจำนวนหน่วยกิตรวมตลอดหลักสูตรไม่น้อยกว่า 36 หน่วยกิต(รวมวิทยานิพนธ์ 12 หน่วย) ระยะเวลาในการศึกษาไม่ต่ำกว่า 2 ปี งานวิจัย 
งานวิจัยในภาควิชาแบ่งเป็นกลุ่มงานวิจัยความชำนาญและความสนใจของคณาจารย์ในภาควิชา ได้แก่ กลุ่มจุลชีววิทยาประยุกต์ กลุ่มชีวเคมีประยุกต์ กลุ่มจุลชีววิทยาทางอาหาร กลุ่มจุลชีววิทยาทางสิ่งแวดล้อม กลุ่มพันธุศาสตร์ของจุลินทรีย์และกลุ่มวิทยาศาสตร์ทางอาหาร ตัวอย่างงานวิจัยที่กำลังดำเนินการ ได้แก่ การแปรรูปขนไก่เพื่อเป็นอาหารสัตว์ด้วยวิธีทางชีวภาพและการผลิตเอนไซม์ย่อยขนไก่ การผลิตสีผสมอาหารจากน้ำหนักผักกาดดองการกำจัดสีของกากน้ำตาลด้วยจุลินทรีย์ผลิตกรดน้ำส้มพันธุศาสตร์ของจุลินทรีย์ผลิตกรดแลคติกการพัฒนากระบวนการผลิตน้ำปลาและอาหารหมักพื้นเมืองของไทยทุนวิจัย
คณาจารย์ในภาควิชาได้รับทุนวิจัยทั้งจากแหล่งทุนภายในประเทศและต่างประเทศ อาทิ ทุนวิจัยผ่านทบวงมหาวิทยาลัย กองทุนสนับสนุนการ วิจัย(สกว.) กระทรวงสาธารณสุขและมูลนิธีวิทยาศาสตร์นานาชาติ(IFS) เป็นต้น
ความร่วมมือทางวิชาการ ภาควิชาได้รับความร่วมมือทางวิชาการจากมหาวิทยาลัยที่มีชื่อเสียงในต่างประเทศ เช่น Kansas State University of Technology และ University of New South Wales หลังจบการศึกษาปัจจุบันผู้สำเร็จการศึกษาทำงานในหน่วยงานทั้งภาครัฐบาลและภาคเอกชนโดยเฉพาะในภาคอุตสาหกรรมประเภทอาหาร เครื่องดื่มและยา รวมทั้งศึกษาต่อทั้งในและต่างประเทศ
